Dyskusja wokół ustaw zdrowotnych przygotowanych przez rząd i związane z tym weto prezydenta wobec obligatoryjnego przekształcenia tych placówek w spółki prawa handlowego spowodowały, że opinia publiczna koncentruje się szpitalach powiatowych, poświęcając mniej uwagi szpitalom klinicznym.

Obszar usług wysokospecjalistycznych należy uznać za najtrudniejszy do zreformowania. Najlepszym tego dowodem jest fakt, że ich finansowanie i stabilność przysparza trudności nie tylko w Polsce w warunkach niestabilnego i ubogiego systemu zdrowotnego, ale w bardzo wielu państwach świata, także tych, które dysponują systemami zamożnymi i ustabilizowanymi (vide: Stany Zjednoczone). W chwili obecnej szpitale kliniczne , a jest ich 44, dysponują faktycznym monopolem na świadczenie specjalistycznych procedur medycznych a sytuacja ta raczej nie ulegnie zmianie. Nie należy również spodziewać się zmian struktury właścicielskiej w tym obszarze lecznictwa. Z uwagi na specyfikę usług udzielanych na tym poziomie, gwarantują one bardzo niepewne źródła dochodów dla ewentualnych świadczeniodawców prywatnych, wymagając jednocześnie bardzo dużych nakładów inwestycyjnych w celu uruchomienia usług oraz utrzymania ich na należytym poziomie. Jednocześnie jednak konieczne jest wprowadzenie mechanizmów, które umożliwią racjonalizowanie kosztów funkcjonowania szpitali wysokospecjalistycznych, aktualnie będących w grupie tych, które najbardziej narażone są na popadanie w zadłużenie.

Konkretnie w odniesieniu do tego sektora lecznictwa proponujemy następujące rozwiązania:
• Przekazanie bezpośredniego nadzoru założycielskiego nad szpitalami klinicznymi ministerstwu zdrowia. Wprawdzie szpitale te, z uwagi na zaawansowanie udzielanych świadczeń są one najbardziej naturalnym miejscem kształcenia kadr medycznych, co przemawiać może za pozostawieniem ich w gestii uczelni, jednak jednocześnie stanowią one dla tychże uczelni nadmierne obciążenie organizacyjne, powodujące poważne trudności w stabilności funkcjonowania tych placówek. Ponadto nadzór właścicielski uczelni nad szpitalami skutkuje faktycznym ubezwłasnowolnieniem dyrektora takiej placówki, który staje się zakładnikiem kadry profesorskiej. Jest to czynnik uniemożliwiający sprawne zarządzanie jednostką, często podporządkowując ją interesom prywatnym. Szpitale muszą funkcjonować w ścisłej współpracy z uczelniami, jednak odpowiedzialność właścicielska musi być przy tym określona w sposób gwarantujący dyrektorom takich placówek faktyczną nad nimi kontrolę.

• Wprowadzenie mechanizmów profesjonalizujących zarządzanie jednostkami klinicznymi. W tym względzie rekomendujemy powierzenie obowiązków zarządzania menedżerom zatrudnianym na podstawie kontraktu cywilno-prawnego. Osoba taka musi przy tym dysponować kompetencjami umożliwiającymi prowadzenie jednostki zgodnie z jej nadrzędnym celem tj. świadczeniem wysokospecjalistycznych procedur medycznych i zachowaniem dyscypliny finansowej pomimo jego ewentualnej sprzeczności z partykularnie pojętym interesem kadry. Chodzi w tym względzie o podporządkowanie polityki kadrowej wymogom efektywności i wyeliminowanie patologii organizacyjnych w postaci tworzenia się w oparciu o jednostki kliniczne zamkniętych „folwarków” bezwzględnie podporządkowanych woli osoby pełniącej w niej funkcje kierownicze.

Wprowadzenie mechanizmów jasnego określania odpowiedzialności za sytuację finansową szpitala, uniemożliwiającą powielanie się mechanizmu cyklicznego oddłużania. Zważając na ograniczoną możliwość komercjalizowania szpitali klinicznych, czyli przekształcania ich w spółki prawa handlowego (wynikającą z ich szczególnej roli edukacyjno-naukowej), za kluczowe w tym względzie uznać należy postulowane powyżej oddzielenie finansowania świadczeń wysokospecjalistycznych (I filar systemu ubezpieczenia zdrowotnego), jak również wprowadzenie możliwości centralnego dofinansowywania inwestycji w infrastrukturę szpitali. Kryterium dofinansowania powinna być przy tym nie tyle konkurencyjność szpitala na rynku usług zdrowotnych, ale jego rola edukacyjno-naukowa. Ilość świadczeń kontraktowanych przez NFZ również powinna być szacowana na podstawie nie tyle gry rynkowej, ale szacunków potrzeb zdrowotnych, gdzie szpitale kliniczne obarczone zostałyby odpowiedzialnością za zagwarantowanie dostępu do nich dla mieszkańców określonego obszaru geograficznego.